17 ноября 1998 Александр Литвиненко совместно с несколькими коллегами (Шебалин, Понькин, Щеглов, Латышонок) по Управлению провёл в Москве пресс-конференцию, участники которой сообщили о том, что в ноябре 1997 получили от начальника УРПО генерал-майора Евгения Хохолькова и замначальника УРПО, капитана I ранга Александра Камышникова устный приказ убить Бориса Березовского, в то время заместителя секретаря Совета Безопасности Российской Федерации. По их словам, Литвиненко и его коллеги отказались выполнять приказ, после чего их начальники стали угрожать им физической расправой за то, что не захотели убить «еврея, обворовавшего полстраны». По их словам, им приказали захватить в заложники с целью получения выкупа брата гендиректора СП «Интурист Радамер — гостиница и деловой центр» Умара Джабраилова и проломить голову подполковнику ФСБ Михаилу Трепашкину, выигравшему суд у тогдашнего директора ФСБ Николая Ковалёва.
По словам Литвиненко, две недели спустя после пресс-конференции на него было совершено покушение около его дома. В марте 1999 года он был арестован по обвинению в превышении полномочий и помещён в следственный изолятор ФСБ «Лефортово». В ноябре 1999 года оправдан, но прямо в зале суда, после зачитанного ему оправдательного приговора, арестован ФСБ и помещён в СИЗО Бутырской тюрьмы по второму уголовному делу.
В 2000 году второе уголовное дело было прекращено прокуратурой за отсутствием состава преступления, однако в тот же день против Литвиненко было начато третье уголовное дело, а он сам освобождён под подписку о невыезде. Опасаясь за свою жизнь, он бежал в Англию. Против него было заведено четвёртое уголовное дело. В мае-июне 2002 года его заочно судили в России, обвинив в злоупотреблении служебным положением в 1996 году, хищении взрывчатых веществ в 1997 году, а также в незаконном приобретении и хранении огнестрельного оружия и боеприпасов и приговорили к 3,5 годам лишения свободы условно с испытательным сроком в течение одного года.
В мае 2001 года правительство Соединённого Королевства предоставило Александру Литвиненко политическое убежище, как подвергающемуся преследованиям на родине. Литвиненко подчёркивал, что распространённое в России мнение о предоставлении убежища в обмен на государственные тайны к нему отношения не имело, так как по роду своей деятельности бывший офицер ФСБ имел дело с внутренней преступностью.
В июле 2002 года ФСБ обратилась к британским спецслужбам с просьбой допросить Литвиненко по поводу его связей с главным подозреваемым по делу о взрывах в России в 1999 году Ачимезом Гочияевым; Литвиненко заявил, что готов дать показания в соответствии с законом, но полиции, а не спецслужбе MI5, что он как бывший офицер спецслужб считает некорректным.
В октябре 2003, по утверждению британского еженедельника «The Sunday Times», на Литвиненко вышли майор ФСБ Андрей Понькин и некто Алексей Алехин, которые заявили, по словам Литвиненко, следующее: «В недрах ФСБ растёт недовольство Путиным. Там считают, что, как только президент расправится с олигархами, наступит их очередь побывать в шкуре оборотней с погонами». Собеседники Литвиненко поведали ему план по физическому устранению президента РФ Владимира Путина с помощью чеченцев. Об этой встрече Литвиненко рассказал Борису Березовскому, который посоветовал ему написать заявление в полицию. Литвиненко написал подробный отчет о встрече и предложении сотрудников спецслужб на 10 страницах, благодаря которому двое бывших сотрудников КГБ и были арестованы. В отчёте Литвиненко сообщил, что его собеседники попросили его организовать для них встречу с Борисом Березовским, надеясь, очевидно, на его финансовое участие в покушении.
В 2005 в интервью польской газете «Rzeczpospolita» Литвиненко заявил, что один из лидеров «Аль-Каиды» Айман аз-Завахири проходил обучение в ФСБ.
7 февраля 2006 на одном из сайтов чеченских сепаратистов была опубликована статья Литвиненко, в которой утверждается, что вызвавшая международный скандал публикация в датской газете «Jyllands-Posten» карикатур на пророка Мухаммеда была тоже организована ФСБ.
По заявлению Б. А. Березовского, сделанному в 2007 году, Литвиненко говорил ему, что ФСБ неизбежно должно его убить, в частности потому, что он «прикоснулся» к коррупционным тайнам Путина и его окружения и вместе с испанской полицией занимался вопросом о приобретении Путиным недвижимости в Испании.