22 февраля того же года произошло первое столкновение враждующих сторон: в поселке Аскерон погибло двое азербайджанцев.
27 февраля начались беспорядки в Сумгаите, которые продолжались до 1 марта. В них участвовали озлобленные беженцы, размещённые в Фатмане и Сарае. Преследования армян были тщательно спланированы и организованы, у погромщиков на руках были адреса, по которым проживали армяне. По официальным данным, пострадало: армян - 26 убито, 34 ранено; азербайджанцев - 6 убито, 54 ранено. Пострадали также 275 военных и милиционеров.
Органы правопорядка АзербАССР перешли на усиленный режим, ситуацию удалось стабилизировать.
15 июня 1988 года Верховный Совет Армянской ССР самовольно принял решение о включении НКАО в состав Армении.
18 сентября в Баку прибыла новая группа азербайджанских беженцев из Армении и Карабаха.
С 24 ноября начались изгнания армян из сёл на западе Азербайджана. Погибло несколько человек, десятки раненых.
В ответ на это с 27 ноября 1988 года в Армении начались организованные избиения азербайджанцев и курдов-мусульман.
Всего за 1988 год погибло 188 азербайджанцев и курдов.
Договор о воссоединении НКАО и АрмССР был подписан 1 декабря 1988 года.
1989 год охарактеризовался началом активных боевых действий в Нагорном Карабахе. Приоритет был на стороне Армении, которую поддерживал РСФСР. Азербайджанское правительство проводило политику скрытого геноцида по отношению к национальным меньшинствам: в зону боевых действий посылались военнослужащие из Талышстана и Лезгистана.
В 1990 году линия фронта протянулась по всей армяно-азербайджанской границе.
13-15 января начались погромы армян в Баку, в ходе которых погибло 86 армян и более 300 было ранено. В больницах Баку им не оказывалась медицинская помощь, поэтому раненых вывозили на поездах и автомобилях в Дагестан и Армению.
Азербайджанская сторона потеряла двух человек убитыми.
По данным Госкомстата, к началу 1990 года: из Армении в Азербайджан - бежало 186 тыс. азербайджанцев, 11 тысяч курдов, 3,5 тысячи русских, состоящих в браке с азербайджанцами и курдами; из Азербайджана в Россию и Армению - выехало 330 тыс. армян и 108 тыс. русских.
По итоговой статистике на начало 1990 года только в погромах и мелких стычках погибло около 600 человек.
Распад СССР в 1991 году перевёл карабахский конфликт в разряд международных. С 23 августа 1991 года в соответствии с Декларацией о независимости Армении территория НКАО стала считаться армянской. Осенью армянские вооружённые силы перешли в наступление и к лету 1992 года из Нагорного Карабаха, Лачинского и Кельбаджарского районов было изгнано всё мусульманское (азербайджанское и курдское) население в количестве 220 тысяч человек. 12 тыс. курдов уехало в ФРГ на постоянное место жительства. Такая активность армянских сил объяснялась приходом в феврале 1992 года после отставки Левона Тер-Петросяна "партии войны" во главе с Робертом Кочаряном (выходцем из Карабаха).
Стоит заметить, в 20-ые годы на территории Лачина и Кельбаджара находилась Курдская АССР в составе АзербАССР. Впоследствии курды были репрессированы, а автономия ликвидирована.
Летом 1992 года 90 тыс. армян были изгнаны из Карабаха, когда Азербайджан пошёл в контрнаступление.
За 1992 год стороны потеряли убитыми: азербайджанцы - 2 тыс. военных и 1,3 тыс. мирных жителей; армяне - 1 тыс. военных и 1,5 тыс. мирных жителей.
1992-93 года в Азербайджане были временем политического кризиса. Правление Эльчибея настроило против власти лезгинов и талышей. Была проведена попытка создания Объединённого Лезгинского государства (часть лезгин живёт в Дагестане). Звучали заявления: "Граница по реке Самур - второй Карабах!". Эльчибей вёл курс на Турцию, проводилась политика пантюркизма. Азербайджанский язык назывался "тюркским", республику наводнили турецкие бизнесмены. Это было воспринято как колонизация. В конце 1993 года при поддержке Москвы на юге Азербайджана была образована Талыш-Муганская республика, которая продержалась несколько месяцев.
В это время, воспользовавшись неразберихой внутри противника, Армения отвоевала 20 % азербайджанской земли, изгнав при этом ещё 520 тыс. мусульман.
В 1994 году на смену Эльчибею пришел Гейдар Алиев, выходец из Нахичеванской Автономии, имеющий (по слухам) курдское происхождение. Он подписал с Арменией мирный договор, по которому статус Карабаха остался до конца неопределённым.
Начали возникать многочисленные мирные планы, например, "План Гоббса - Обмен территориями", по которому Карабах и Западный Азербайджан остаются за Арменией, а та, в свою очередь, освобождает для Азербайджана Мегринский коридор на юге Армении, в котором до конфликта дисперсно были расселены курды и азербайджанцы.
Итоговая статистика "военной пятилетки" выглядит следующим образом: Азербайджан потерял 11 тыс. убитыми и 30 тыс. ранеными; Армения потеряла 6 тыс. убитыми и 20 тыс. ранеными. Потери солдат из РСФСР и, с 1991 года, РФ - неизвестны, т.к. участие русских солдат не афишировалось. Парадокс заключается в том, что в один период войны русские, выступающие как за Армению (спецотряды), так и за Азербайджан (в основном, нелегальные наёмники), стреляли друг в друга...